Mezi nejslavnější díla tzv. krásného slohu se řadí Krumlovská madona z let 1390–1400, kterou roku 1913 zakoupila v Českém Krumlově rakouská státní galerie a dnes je vystavena ve sbírkách Uměleckohistorického muzea ve Vídni. Ikonické dílo české gotiky vzniklo v Praze na objednávku rodu Rožmberků a mezi potencionální místa původního umístění v Českém Krumlově patří kromě hradní kaple a kostela sv. Víta především zaniklá gotická kruchta klarisek v klášterním kostele. Nejznámější dobovou varietou Krumlovské madony je Hallstattská madona z roku 1400, kterou v roce 1924 zakoupila jako náhradu československá vláda a dnes je vystavena v Národní galerii v Praze. Pro Klášterní museum vznikla roku 2015 kopie Hallstattské madony, která symbolicky připomíná prodej Krumlovské madony do Vídně i její rakouské variety do Prahy.
Rozsáhlý barokní cyklus olejomaleb na plátně vyprávějící zázračný život svatého Františka z Assisi patří k nejstarším světeckým cyklům v českých zemí a tvoří výraznou dominantu křížové chodby. Obrazy široké přes čtyři metry a vsazené do jednotlivých lunet pochází z let 1657–1667. Autorem nejstarších a umělecky nejzdařilejších děl je dvorní eggenberský malíř Jan Melichar Otto. Vznik cyklu je spojen s působením Arcibratrstva svatého Františka Serafínského, jehož členové patřili mezi hlavní donátory a zadavatele unikátního souboru děl. Z rozsáhlého vyprávěcího cyklu se dodnes zachovalo osmnáct obrazů, které jsou plné postav, andělů, ďáblů, zvířat, krajin, architektury a především fantastických příběhů popisujících ctnostný život jednoho z nejslavnějších a nejvýznamnějších světců.
Kaple svatého Wolfganga patří mezi nejcennější a nejautentičtější sakrální prostory klášterního areálu. Kaple je unikátní svojí komplexně zachovanou středověkou nástěnnou výmalbou z druhé poloviny 15. století a monumentální dřevěnou sochou svatého Wolfganga z let 1450–1460. Výjimečný sakrální prostor vznikl už v druhé polovině 14. století jako kapitulní síň a sloužil k pravidelnému shromažďování mnichů. Rozsáhlá pozdně gotická přestavba v druhé polovině 15. století vyvrcholila přeměnou bývalé kapitulní síně na kapli svatého Wolfganga, kterou roku 1491 vysvětil kamínský biskup Benedikt z Valdštejna. V interiéru kaple se na stropě nachází částečně dochovaná rokoková výmalba z roku 1781 od malíře Jana Václava Tschöppera.
Pozdně gotická křížová chodba z let 1500–1515 patří k nejkrásnějším architektonickým skvostům v Českém Krumlově. Impozantní prostor zaklenutý síťovou klenbou zaujme především čtyřmi tordovanými sloupy ve dvoulodí, kružbovými okny s nejrůznějšími geometrickými motivy, fragmenty středověkých nástěnných maleb a monumentální dřevěnou sochou Ukřižovaného z roku 1520. Centrem křížové chodby je rajský dvůr, kde byla v letech 1687–1688 postavena kaple Panny Marie Einsiedelnské s hojně uctívanou sochou černé madony. Barokní kaple je kopií nejproslulejšího švýcarského poutního místa v Einsiedelnu a minoritskému klášteru ji darovala kněžna Marie Ernestina ze Schwarzenbergu.
Obrazová galerie prezentuje dvanáct olejomaleb na plátně, které byly v průběhu 17. a 18. století vytvořeny pro bývalý minoritský klášter či klášterní kostel Božího Těla a Panny Marie za vlády šlechtických rodů Eggenbergů a Schwarzenbergů. Hlavní dominantou chodby je oltářní obraz Zvěstování Páně z roku 1679 od dvorního malíře Matyáše Leithnera. Dílo se nacházelo do poloviny 18. století na hlavním oltáři v klášterním kostele. Ze stejné doby pocházejí i portréty svatého Františka z Assisi a svaté Kláry, které namaloval v roce 1688 malíř Jindřich de Veerle. Oba umělci pocházející z Rakouska pracovali na krumlovském dvoře pro Jana Kristiána z Eggenbergu a Marii Ernestinu ze Schwarzenbergu. Tito významní donátoři kláštera věnovali dokonce do klášterního refektáře (jídelny) své portréty v životní velikosti.
Hlavní dominantou gotického sklepa jsou dva významné kamenné náhrobky z 16. století, zdobené erby a českými nápisy. Větší žulový kámen patří člence rožmberského fraucimoru Anně Vojířové, která zemřela v roce 1599. Její tělo bylo pohřbeno v kapli svatého Wolfganga, v jejíž podlaze se tento náhrobní kámen nacházel. Menší náhrobní kámen z dioritu patří rytíři a váženému rožmberskému úředníkovi Václavu Metelskému z Feldorfu, který zemřel v roce 1550. Náhrobní kámen v 17. století minorité druhotně použili jako podložní desku letní kuchyně v zadní klášterní zahradě při kapli svatého Wolfganga.